依據相關法律、法規及規范性文件的規定，非上市公司申請新三板掛牌轉讓的流程如下：
1、公司董事會、股東大會決議
2、申請股份報價轉讓試點企業資格
3、簽訂推薦掛牌協議
非上市公司申請股份在代辦系統掛牌，須委托一家主辦券商作為其推薦主辦券商，向協會進行推薦。申請股份掛牌的非上市公司應與推薦主辦券商簽訂推薦掛牌協議。
4、配合主辦報價券商盡職調查
5、主辦報價券商向協會報送推薦掛牌備案文件
6、協會備案確認
協會對推薦掛牌備案文件無異議的，自受理之日起五十個工作日內向推薦主辦券商出具備案確認函。
7、股份集中登記
8、披露股份報價轉讓說明書
9、掛牌交易
審批時間短、掛牌程序便捷是新三板掛牌轉讓的優勢，其中，企業申請非上市公司股份報價轉讓試點資格確認函的審批時間為5日；推薦主辦券商向協會報送推薦掛牌備案文件，協會對推薦掛牌備案文件無異議的，出具備案確認函的時間為五十個工作日內。除此之外，企業申請新三板掛牌轉讓的時間周期還依賴于企業確定相關中介機構、相關中介機構進行盡職調查以及獲得協會確認函后的后續事宜安排。